«فدراسیون بین المللی جامعه های حقوق بشر» (FIDH) و «سازمان جهانی مبارزه با شکنجه» (OMCT) است، ضمن اعتراض به احضار دکتر ملکی از سوی مقامات زندان اوین، از مسولین حکومت ایران خواسته اند تا "به پیگرد و آزار دکتر محمد ملکی" پایان دهند.

به گزارش دانشجونیوز به نقل از تارنمای این دو سازمان حقوق بشر، در بیانیه جدید این سازمان ها با اشاره به اینکه برنامه نظارت بر حمایت از مدافعان حقوق بشر از طریق «جامعه دفاع از حقوق بشر در ایران» (LDDHI) از احضار دکتر محمد ملکی برای گذراندن حکم یک سال زندان مطلع شده است، اضافه نموده که "بر اساس اطلاعات دریافتی، دکتر محمد ملکی، عضو موسس جمعیت ایرانی دفاع از آزادی و حقوق بشر[1] در تاریخ 3 بهمن 1390 برای گذراندن حکم یک سال زندان به زندان اوین احضار شد و سه روز مهلت یافت تا خود را معرفی کند. خطر دستگیری او را به شدت تهدید می کند."

در ادامه این بیانیه آمده است: "برنامه نظارت آزار قضایی دکتر محمد ملکی را محکوم می کند زیرا این آزار و اذیت ظاهرا به قصد تنبیه فعالیت حقوق بشری او انجام می شود و نگرانی عمیق خود را از کوشش های ادامه دار برای منع فعالیت های مسالمت آمیز مدافعان حقوق بشر در ایران ابراز می نماید."

گفتنی است دکتر ملکی به علت اعتراض شدید به بسته شدن دانشگاه ها از تیر 1360 تا مرداد 1365 به مدت پنج سال در زندان به سر برد. او دوباره در 21 اسفند 1379 دستگیر شد و بدون محاکمه بیش از شش ماه در بازداشت انفرادی ماند.

دکتر محمد ملکی برای بار سوم در 31 مرداد 1388 به خاطر تحریم انتخابات ریاست جمهوری و اعتراض به خشونت های پس از انتخابات دستگیر شد و به اتهام ارتباط با گروه های مخالف بیش از شش ماه در زندان اوین ماند و در اسفند 1388 با وثیقه آزاد شد. در دوره بازداشت او چند بار به علت حمله قلبی و مشکلات دیگر جسمانی از جمله سرطان پروستات در بیمارستان بستری شد. بنا به گزارش ها، او از رسیدگی مناسب پزشکی محروم بود.[2]

محاکمه او در شعبه 28 دادگاه انقلاب اسلامی ابتدا در تاریخ 5 مرداد 1390 تعیین شده بود، اما در پی خودداری او از شرکت در دادگاه به تاریخ 8 مرداد موکول شد.[3] دکتر ملکی در دادگاه حضور یافت ولی از خود دفاع نکرد و گفت به حکم اعتراض نخواهد کرد زیرا دادگاه بدوی را غیرقانونی می داند. دکتر ملکی ابتدا به محاربه، اهانت به بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران آیت الله خمینی و آیت الله خامنه ای (رهبر فعلی) متهم شده بود، اما در پایان به اتهام «تبلیغ علیه نظام» محکوم شد.

دکتر ملکی در شهریور 1390، گزارش کوتاهی خطاب به گزارشگر ویژه سازمان ملل برای ایران در باره شکنجه هایی که در زندان های دوران مختلف دیده است نوشت و در پی آن مورد بازجویی قرار گرفت و از مسافرت به خارج منع شد.